Lukas Thöni studierte an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien bei Konrad Ragossnig, Alvaro Pierri und Walter Würdinger.
Er konzertierte unter anderem beim Festival Klangspuren, Festival TransArt Bozen, Orgelfestival Lockenhaus, bei der Jazzwerkstatt Wien, bei Wien Modern, bei der Salzburg Biennale, im Wiener Konzerthaus, in der Philharmonie Luxembourg, im Kings Place London, in der Alte Schmiede Wien, und im Echoraum Wien.
Er ist Gastmusiker beim Windkraft Ensemble für Neue Musik, beim österreichischen Ensemble für Neue Musik Salzburg, bei der Camerata Salzburg und beim Mozarteumorchester Salzburg.
Besonderes Interesse hegt Lukas Thöni an interdisziplinären Projekten zwischen Musik, Tanz und Literatur. Er ist Gründungsmitglied von Call Our Shifts, ein Ensemble für zeitgenössisch improvisierte Musik.